In quel periodo conosce Linda Murri, figlia del celebre medico Augusto Murri, professore di Medicina Clinica all'Università di Bologna. Francesco divenne tutore dei figli di Linda Murri, agli arresti domiciliari a Porto San Giorgio, e la sposò nel 1910, iniziando una nuova fase della sua vita privata e professionale. La storia personale della moglie e le drammatiche vicende familiari in corso scatenarono un tale tumulto che il caso giudiziario divenne il primo caso pubblico della storia italiana; a testimoniarlo è l'enorme quantità di letteratura disponibile su questo caso. La sua famiglia e la famiglia del marito assassinato divennero oggetto di uno scontro politico-culturale, ma grazie all'influenza della sua famiglia e all'intercessione del governo, a Linda fu permesso di iniziare una nuova vita.

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Francesco e Linda ebbero un matrimonio apparentemente felice, ma anche questo non fu privo di aspetti un po' clamorosi.  Continuò a lavorare come insegnante fino al 1931, quando ottenne la cattedra di neolatino Filologia all'Università di Roma.  Si occupò di numerosi gruppi culturali, letterari e filologici a Roma, fu membro della Società Arcadica (l'Accademia degli Arcadi) e Vicepresidente di l'Accademia Tiberina, entrambe molto intellettuali, seleziona organizzazioni dedite alla promozione dei classici e dell'indagine culturale e filosofica.

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L'impegno di Francesco per la scrittura e il giornalismo è stato straordinario, a giudicare dal numero di testi che ha prodotto. La sua conoscenza dell'inglese, tedesco, francese e spagnolo gli ha permesso inoltre di ricercare la maggior parte dei testi disponibili, e anche quelli di altri campi di studio. Dopo il 1910 divenne anche membro, presidente e direttore di diversi Circoli Filologici, Bollettini e Istituzioni. Come studioso e filologo ebbe una vasta gamma di amici e colleghi, ed ebbe corrispondenza con personalità di spicco della letteratura italiana come Gabriele D'Annunzio.

Tra le sue 156 pubblicazioni su argomenti storico-filologici vi sono alcuni importanti scritti che hanno contribuito alla comprensione della lingua e della cultura italiana, tra cui uno studio della Divina Commedia di Dante (La Divina Commedia) scritto nel 1313. Francesco ha anche studiato lo sviluppo dei primi dialetti italiani e il passaggio dal latino all'italiano moderno, attraverso il folclore locale, la poesia e le leggende cavalleresche.

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Nel 1943 qualcosa di significativo cambiò nella sua vita. Sua moglie si ammalò gravemente e si interessò alla metapsicologia e alla parapsicologia. Era stata per molti anni una ricercatrice in parapsicologia ed era un noto medium, usando lo pseudonimo di "Anhelus" per pubblicare le sue scoperte. Francesco scriveva in quel momento che intendeva lasciare gli studi filologici e storici per dedicarsi interamente alla parapsicologia, e cercare di mettere in ordine le ricerche della moglie, che non sapeva più parlare. Era anche determinato a contattare lo spirito del marito assassinato per scoprire definitivamente chi era stato il responsabile dell'omicidio e riabilitare il nome di sua moglie. Divenne un esperto nel campo della parapsicologia e fu rispettato in tutta Europa, e nel 1954 divenne capo dell'Istituto internazionale per la ricerca psichica. Fu anche membro della Società per

Psychical Research di Londra, la più antica e autorevole istituzione che ha studiato la metafisica con metodi scientifici. Dal 1955 al 1959 è stato presidente onorario della Società Italiana di Parapsicologia (Societa' Italiana di Parapsicologia) e molti dei suoi contributi sono apparsi su riviste italiane. Ha anche prodotto un elenco esaustivo di persone attive in questo campo tra il XIX e il XX secolo. Nel 1950 pubblicò un libro sulla controversa figura, Daniel Dunglas Home, il medium fisico scozzese del 19° secolo. Ci sono anche testi incentrati sull'attività dei medium psichici romani, e anche osservazioni sulla pittura medianica -Pittura e disegni Metapsichici, 1953.

L'approccio di Egidi alla metafisica e alla parapsicologia è stato quello di dare una visione oggettiva del materiale disponibile e di trovare un ponte tra le diverse realtà, come le vedeva lui, attraverso l'analisi scientifica. Questo metodo, sviluppato dalla sua esperienza di ricerca in altri campi, ha cercato di trovare collegamenti tra la manifestazione medianica, la realtà quotidiana, la vita dello spirito e la storia della disciplina.

Ritorna nella sua amata città natale, le Marche, dove fonda l'Associazione Pro Montefiore che ha lo scopo di promuovere la cultura e il turismo nel paese e nell'intera regione. Riconobbe chiaramente che la popolarità del turismo culturale, che si stava sviluppando di recente, poteva essere sfruttata anche a beneficio della sua piccola città natale.

nel 1956 fu eletto Sindaco di Montefiore. Una delle sue iniziative durante la sua carica di sindaco fu quella di far trasferire le spoglie mortali del suo buon amico, l'artista e compagno massone, Adolfo de Carolis, dal cimitero di Varano a Roma alla chiesa di San Francesco a Montefiore. Pur continuando la sua ricerca psichica, pubblicò anche libri sul dialetto locale e sulle tradizioni locali, e la storia della lingua italiana.

Due sono le maggiori attrattive culturali a Montefiore la cui esistenza è da attribuire esclusivamente a Francesco Egidi. La prima è la galleria De Carolis, inaugurata ufficialmente il 7 agosto 1960, alla presenza dei grandi e dei buoni marchigiani.

Il secondo è la meravigliosa collezione di oltre 2.000 libri e preziosi manoscritti donati dalla sua biblioteca personale, che coprono un'ampia gamma di argomenti, dalla lingua alla letteratura, alla storia e alle tradizioni locali e, naturalmente, alla metafisica. Attualmente sono conservati negli archivi comunali e sono a disposizione del pubblico.

Visse fino all'età di 90 anni, morì il 4 agosto 1969 e fu sepolto con grande solennità nel cimitero di Montefiore.